Tarih boyunca İslam'dan uzaklaşarak Eski Yunan'ın materyalist ve evrimci hurafelerine aldanan çeşitli düşünürler var olmuştur. Büyük İslam alimi İmam Gazali'nin eserlerinde şiddetle yerdiği ve çürüttüğü bu fikir ekolünün masonik karakterde olması, kuşkusuz tarihe önemli bir ışık tutmaktadır.
Darwin'in evrim teorisinin özü, cansız maddenin kendi kendine, doğa şartları içinde ilk canlıyı ortaya çıkardığı ve sonra da bu ilk canlıdan, yine doğal şartlar ve rastlantılar sonucunda diğer tüm canlı türlerinin türediği iddiasıdır. Diğer bir deyişle, evrim teorisi, doğanın kendi içine kapalı bir sistem olduğu, hiçbir yaratılış olmadan, kendi kendine düzenlendiği ve canlılık oluşturduğu iddiasındadır. Bu düşünceye, yani bir Yaratıcı olmadan doğanın kendi kendine organize olduğu düşüncesine "natüralizm" adı verilir.
Natüralizm, bir kütüphanenin, hiçbir yazar olmadan "kendi kendine" ortaya çıktığını iddia etmek kadar saçma bir düşüncedir. Ama tarihin eski çağlarından bu yana, felsefi ve ideolojik tercihler nedeniyle, birtakım düşünürler tarafından savunulmuş ve bazı kültürler tarafından benimsenmiştir.
Natüralizmin doğduğu ve kabul gördüğü toplumlar ise pagan toplumlardır; Eski Mısır ve Eski Yunan gibi. Ancak Hıristiyanlığın dünyaya yayılmasıyla birlikte, bu pagan felsefe büyük ölçüde terk edilmiş ve tüm evreni ve doğayı Allah'ın yaratmış olduğu gerçeği Batı düşüncesine hakim olmuştur. Aynı şekilde İslam'ın Doğu'ya yayılması ile birlikte, Zerdüştlük, putperestlik, Şamanizm gibi pagan inançlarla birlikte natüralist fikirler de ortadan kalkmış, yaratılış gerçeği hakim olmaya başlamıştır. Ancak natüralist felsefe yer altında da olsa yaşamaya devam etmiş, özellikle gizli dernekler yoluyla yaşatılmış ve uygun zemin bulunduğunda da yeniden ortaya çıkmıştır. Hıristiyan dünyasında natüralizmi yaşatanlar, masonlar ve onların öncüleri olan benzeri gizli derneklerdir. Türk Mason Dergisinde bu konuda şu ilginç bilgiler verilmektedir:
"Tanrıların dışında, doğa olay ve olgularına ilişkin araştırmalarında yeni yeni buluşlara erişen kişiler, bulgularını kendilerine saklamak zorunda kaldılar... Bu gizlilik, ele alınan konuların işlenmesi sırasında türlü işaretlerin ve simgelerin kullanılmasını gerektirdi." (Mason Dergisi, sayı 48–49)
Burada "yeni buluşlar" sözüyle kast edilen kavram, natüralizme uygun, yani alıntıda belirtildiği gibi Allah'ın varlığını kabul etmeden yürütülen bir "bilim anlayışı"dır. Bu çarpık bilim anlayışı, dindar toplumlarda "gizlice" geliştirilmiş, bu amaçla işaret ve simgeler kullanılmasına ihtiyaç duyulmuş ve masonluğun kökenleri oluşmuştur.
Masonluğun kökenini oluşturan söz konusu gizli derneklerden biri, Tapınakçılar ile masonlar arasında bir tür "geçiş aşaması" olarak kabul edilen Gül-Haç (Rose-Croix) derneğidir. 15. yüzyılda adı duyulmaya başlayan bu dernek, Avrupa'da özellikle simya konusunda bir furyanın doğmasına neden olmuş, derneğin üyelerinin bu konuda "gizli bilgilere" sahip olduğu efsanesi yayılmıştır. Gül-Haçlar'dan günümüze kalan en önemli miras, natüralist felsefe ve onun ayrılmaz bir parçası olan "evrim" fikridir. Mason Dergisi'nde, Gül-Haçlar'ın evrimci felsefesi şöyle vurgulanmaktadır:
"Spekülatif Masonluk, ya da modern çağdaş Masonluk örgütlenmesini Operatif Masonluk dediğimiz yüzyılların inşaatçı birlikleri üzerine kurmuştur... Bu örgütler arasında en önemli olanları Tampliye (Templiers) ve Rozkrua (Rose-croix) tarikatlarıdır..."
Rozkrua Tarikatı'nın nerede ve nasıl kurulmuş olduğu kesinlikle bilinmemektedir. Bu tarikatın izlerine Avrupa'da ilk kez 15. yy ortalarında rastlanmaktadır. Fakat tarikatın çok daha eski bir kuruluş olduğu da bellidir. Tampliye Tarikatı'ndan farklı olarak Rozkrua Tarikatı'nın temel uğraş alanı bilimseldir. Üyeleri geniş çapta alşimi (simya) ile uğraşmışlardır... Tarikat üyelerinin en önemli özelliği, her oluşumda bir evrim süreci olduğunu benimsemiş olmaları, bu nedenle de felsefelerinin temelinde Natüralizme yer vermiş bulunmalarıdır. Bu nedenle de Rozkrua Tarikatı Tabiyyun (Natüralistler) adıyla anılmıştır. (Mason Dergisi, sayı 48-49)
Evrim fikrinin geliştirildiği bir diğer masonik örgütlenme ise, Batı'da değil Doğu'da kurulmuş olan bir başka masonik teşkilattır. Üstad Mason Selami Işındağ, "Kuruluşundan Bugüne Masonluk ve Bizler" başlıklı makalesinde bu konuda şu bilgileri verir:
"İslam dünyasında adeta Masonluğun karşılığı olan İhvanussafa derneği vardı. Abbasiler zamanında Basra'da kurulan bu gizli dernek, 52 büyük fasikülden oluşan bir ansiklopedi yayınlamıştı. Bunların 17 ' si Doğa Bilimlerini içerir. Bu fasiküllerde Darwinizm ' e çok benzeyen bilimsel açıklamalar vardır. Bunlar İspanya ' ya kadar yayılmış ve Batı ' da düşün çevresini etkilemiştir." (Dr. Selami Işındağ, Kuruluşundan Bugüne Masonluk ve Bizler)
İslam dünyasında gelişmesine rağmen İslam'ın temel esaslarından uzaklaşan bu dernek, Eski Yunan felsefesinden etkilenmiş ve bu felsefeyi üstü kapalı bir sembolizm ile ifade etmiştir. Selami Işındağ, üstteki açıklamasına şöyle devam etmektedir:
"... bu gizli derneğin başlıca amacı, dinsel dogmaların benzetmeler ve simgesel açıklamalarla ussal (aklî) yola getirilmesi idi. Bu derneğin felsefesi, Pithagore ve Eflatun ' dan etkilenmiştir. Bu gizli derneğe girebilmek için, insan önce mistik öğütlerle heyecanlandırılır, sonra dinsel boş inançlar ve dogmalardan kurtarılırdı. Daha sonra da filozofik ve simgesel yöntemlere alıştırılırdı. Artık çıraklık aşamasını geçen böyle bir üye, bazen neo-Platonik görüşlerden geçirildikten sonra, kimya, astroloji ve sayılara anlam verme bilimi olan aritmolojiye başlayabilirdi. Ama bütün bu bilgiler gizli tutulur ve ancak öğrenmeye layık olduğu anlaşılanlara verilirdi. İşte Masonluk kaynağını bütün bu kuruluşlardan almıştır..."
Bu alıntıda yer alan "dinsel boş inançlar ve dogmalardan kurtarma" ifadesinden kasıt, dini inançların reddettirilmesidir. Mason Işındağ, dini kendince böyle tanımlamaktadır. Oysa "boş inanç ve dogma" asıl olarak masonluğun kendi felsefesine uyan tanımlardır. Masonların din aleyhinde kullandıkları sözlerin, hiçbir delile dayanmayan, propaganda ve telkin amaçlı kavramlar olduğuna dikkat etmek gerekir. Dine karşı fikri bir itiraz getiremedikleri için, bu gibi telkin yöntemlerine, insanlarda psikolojik etki uyandırmasını umdukları kelimelere sığınmaktadırlar. (Harun Yahya, Global Masonluk)
Üstteki alıntıda verilen bilgiler ise, bizlere masonluğun İslam dünyasındaki paraleli olan İhvanussafa derneğinin aynen günümüz masonları gibi çalıştığını göstermektedir.
İslam tarihinde, İslam'dan bu şekilde uzaklaşarak Eski Yunan'ın materyalist ve evrimci hurafelerine aldanan çeşitli düşünürler olmuştur. Büyük İslam alimi İmam Gazali'nin eserlerinde şiddetle yerdiği ve çürüttüğü bu fikir ekolünün masonik karakterde olması ise, kuşkusuz tarihe önemli bir ışık tutmaktadır. Gazali, İhvanussafa'yı da doğrudan eleştirmiş, Eski Yunan düşüncesinden etkilenen sapkın bir felsefeyi savunduğunu açıklamıştır. Fedaih-ul-Batıniyye adlı eserinde ise, İhvanussafa'nın da dahil olduğu İsmailiye mezhebinin öğretilerinin çarpıklığını ortaya koymuştur.
