Bazı evrim savunucuları, Termodinamiğin İkinci Kanunu'nun yalnızca "kapalı sistemler" için geçerli olduğu, "açık sistemler"in ise bu kanunun dışında olduğu gibi bir savunmaya başvururlar. Oysa bu iddia bazı evrimcilerin, her zamanki gibi, teorilerini çıkmaza sokan bilimsel gerçekleri çarpıtma çabasından öteye gitmez. Nitekim pek çok bilim adamı bu iddianın geçersiz olduğunu, termodinamikle bağdaşmadığını açıkça belirtmektedir. Bunlardan biri olan Harvard'lı bilim adamı John Ross, Chemical and Engineering News dergisinde yer alan ifadelerinde, kendisi de evrimci görüşe sahip olmasına rağmen bu gerçek dışı iddiaların önemli bir bilimsel hata olduğunu şöyle belirtir:
... Termodinamiğin İkinci Kuralı'nın bilinen hiçbir ihlali yoktur. Normalde ikinci kural izole sistemler için kullanılır, ancak ikinci kural açık sistemlere de aynı derecede iyi bir şekilde uygulanabilir... Buna rağmen Termodinamiğin İkinci Kuralı'nın dengeden uzak sistemler için geçerli olmadığı görüşü hakimdir. Bu hatanın kendisini sonsuza kadar sürdürmeyeceğinden emin olmak çok önemlidir. (John Ross, Chemical and Engineering News, 27 Temmuz 1980, s. 40.)
Açık sistem, dışarıdan enerji ve madde giriş-çıkışı olan bir termodinamik sistemdir. Evrimciler de dünyanın bir açık sistem olduğunu, Güneş'ten sürekli bir enerji akışına maruz kaldığını, dolayısıyla Entropi Kanunu'nun dünya için geçersiz olduğunu ve düzensiz, basit, cansız yapılardan düzenli, kompleks canlıların oluşabileceğini öne sürmektedirler.
Oysa burada açık bir çarpıtma vardır. Çünkü bir sisteme dışarıdan enerji girmesi, o sistemi düzenli hale getirmek için yeterli değildir. Bunun için ham enerjiyi kullanılabilir hale getirecek özel mekanizmalar gerekir. Örneğin bir arabanın, benzindeki enerjiyi işe dönüştürmesi için motora, transmisyon sistemlerine ve bunları idare eden kontrol mekanizmalarına ihtiyaç vardır. Böyle bir enerji dönüştürücü sistem olmasa, arabanın benzindeki enerjiyi kullanabilmesi mümkün olmayacaktır.
Aynı durum canlılık için de geçerlidir. Canlılığın enerjisini Güneş'ten aldığı doğrudur. Fakat Güneş enerjisi, ancak canlılardaki inanılmaz komplekslikteki enerji dönüşüm sistemleri (örneğin bitkilerdeki fotosentez, insan ve hayvanlardaki sindirim sistemleri) sayesinde kimyasal enerjiye çevrilebilmektedir. Örneğin midesi ve bağırsakları olmayan bir insan en kalorili gıdaları da yese bu gıdalardaki enerjiyi kullanamaz ve ölür. Bu tür enerji dönüşüm sistemleri olmasa hiçbir canlı varlığını devam ettiremez. Güneş'in de enerji dönüşüm sistemi olmayan bir canlı ya da cansız bir varlık için, yakıcı, bozucu ve parçalayıcı bir enerji kaynağı olmaktan başka bir anlamı yoktur.
Görüldüğü gibi herhangi bir enerji dönüştürücü mekanizması olmayan bir sistem, açık veya kapalı da olsa, evrim için hiçbir avantaj teşkil etmemektedir. İlkel dünya şartlarında doğada böyle kompleks ve bilinçli mekanizmaların bulunduğunu ise, hiç kimse iddia etmemektedir. Zaten evrimciler açısından bu noktadaki problem, bitkilerdeki fotosentez mekanizması gibi modern teknoloji tarafından bile taklit edilemeyen kompleks enerji dönüşüm mekanizmalarının nasıl ortaya çıktığı sorusudur.
İlkel dünyaya dışarıdan giren Güneş enerjisinin de bu yüzden hiçbir şekilde canlılıktaki kompleks molekül ve yapıları, organize biyolojik sistemleri meydana getirecek etkisi yoktur. Dahası, sıcaklık ne kadar artarsa artsın amino asitler düzenli dizilimlerde bağ yapmaya karşı direnç gösterirler. Amino asitlerin çok daha karmaşık moleküller olan proteinleri, proteinlerin de kendilerinden daha kompleks ve planlı yapılar olan hücre organellerini oluşturmaları için tek başına enerji hiçbir anlam taşımaz.
