Bazı evrimciler, Darwin'in parlak fikri olan Prekambriyen kayalıklarındaki "saklı!" fosillerin bulunamadığına dair iddianın geçersizliğini görmekte gecikmediler. Darwin'in, en temel evrimsel mekanizma olarak ortaya attığı "doğal seleksiyon" yoluyla da herhangi bir şey başarılamadığını kabul etmek zorunda kaldılar. Ancak bu durum, evrimi temelinden çökerten Kambriyen canlılarının "kökenlerinin" olmadığı gerçeğine kendilerince bir çözüm bulmalarını gerektiriyordu. İşte bu nedenle, delillere değil, yine tümüyle delilsizliğe dayanan bir başka iddia ortaya attılar. Bu teori, Darwin'in öne sürdüğü "aşamalı evrim" modelinin çaresizliğini görmüş ve buna alternatif olarak çok daha büyük bir çaresizlik örneği şeklinde ortaya atılmış olan neo-Darwinizm yani Modern Sentetik Teori idi.
1941 yılında Amerikan Jeoloji Derneği'nin düzenlediği bir toplantıda bir araya gelen bir grup bilim adamı, Darwinizm mantığı ile genetik bilimini bir şekilde uzlaştıracak bir yol aradılar. G. Ledyard Stebbins ve Theodosius Dobzhansky gibi genetikçilerin, Ernst Mayr ve Julian Huxley gibi zoologların, George Gaylord Simpson ve Glen L. Jepsen gibi paleontologların uzun tartışmalar sonucunda vardıkları sonuç, genetik kanunlarının ortaya koyduğu "genetik sabitlik" gerçeğine karşı, Hollandalı botanikçi Hugo de Vries tarafından yüzyılın başında ortaya atılan "mutasyon" kavramını kullanmaktı. Mutasyonlar, radyasyon gibi çeşitli dış faktörlerin etkisi ile canlıların kalıtım mekanizmalarında meydana gelen bozukluklardı.
Amerikan Jeoloji Derneği'nde toplanan bilim adamları söz konusu mutasyon kavramını benimsediler ve Darwin'in Lamarck'a dayanarak cevaplamaya çalıştığı "canlıları geliştiren yararlı değişikliklerin kaynağı nedir?" sorusuna, "rastgele mutasyonlar" cevabını verdiler.
Büyük görüşmeler, konferanslar, toplantılar sonucunda bu kararı alan evrimci bilim adamlarının ihmal ettikleri veya ihmal etmeyi tercih ettikleri gerçek ise şuydu: Mutasyonların canlıların genetik bilgisini değiştirdikleri doğruydu, ama bu değişim daima olumsuz yönde oluyordu. Mutasyonlar, evrimcilerin iddia ettikleri gibi bir canlıyı geliştirmiyor, aksine mevcut yapılara zarar veriyordu. Bir mutasyonun "fayda" getirdiğine dair herhangi bir delil yoktu, dolayısıyla "evrimleştirici" yani "geliştirici" etkisi üzerine yapılan tüm spekülasyonlar sahteydi. Mutasyonlar, büyük ölçüde zararlı, nadiren de etkisiz olan olaylardı ve bu gerçek hayali evrimin en önemli hayali mekanizmalarından birini tamamen geçersiz kılmaya yetiyordu.
Ancak bu gerçek, neo-Darwinistleri engellemedi. Tüm canlılığın, tek bir hücreden, rastgele meydana gelen ve her nasılsa genellikle fayda getiren mutasyonlarla, şu an görüp bildiğimiz olağanüstü kompleksliğe sahip şekle dönüştüğü ve mükemmel görünümünü aldığı senaryosunu öne sürdüler. Bunu kullanarak, yıllardır hiçbir açıklama getiremedikleri, tümüyle evrim teorisini yıkıma uğratan Kambriyen canlılarının da söz konusu mutasyonlarla değişim geçirerek oluştukları açıklamasının arkasına sığındılar.
Öncelikle bugün kabul gören neo-Darwinizm'in, türlerin oluşumunu açıklamada kullandığı mekanizmalar için gerekli sayılan süreler çok uzundur. Neo-Darwinizm, türlerin oluşumu için, canlının gen dizilimlerinde rastgele mutasyonlar sonucunda küçük değişiklikler biriktiğini ve bu biriken değişikliklerin nesiller sonra, türlerdeki değişikliklere neden olduğunu iddia eder. Mutasyonların canlıların genetik bilgisini geliştirmedikleri gerçeği, bu iddiayı en baştan geçersiz kılmaktadır. Ancak bir an için tamamen spekülatif olan evrimci iddiayı kabul etsek ve mutasyonların evrimleştirici bir etkisi olabileceğini varsaysak bile, teori Kambriyen patlaması karşısında yine de çaresizdir: Kambriyen devrinde ortaya çıkan canlıların bu tür küçük değişikliklerle bu kadar kısa bir zaman zarfında meydana gelmesi kesinlikle imkansızdır. Delilsiz ve mantıksız olan bu iddia da Kambriyen'de ortaya çıkan benzersiz çeşitliliğin sözde evrimi için hiçbir şey sağlamamaktadır.
Ancak bunun daha da ötesinde, neo-Darwinizm'in genetik bilgiye "daima olumlu" yenilikler ekleyerek canlıları kompleks canlılara evrimleştirdiği iddiası teorinin kendisini geçersiz kılmaktadır. Neo-Darwinizm, mutasyonların "fayda" getirecekleri tezi üzerine üretilmiş bir senaryodur. Genetik bilimi, bir mutasyonun fayda getirip, bir canlının, kusursuz ve tamamen farklı özelliklere sahip bambaşka bir canlıya dönüşüm gösterdiğini hiçbir zaman gözlemleyememiştir. Hatta tek bir hücreye fayda getirip onu geliştirmiş bir mutasyon örneği bile yoktur. Dolayısıyla, teori herhangi bir temele dayanmamaktadır ve bu teorinin geçersizliği ile birlikte Kambriyen canlıları ile ilgili olarak öne sürülen iddia da ortadan kalkmış olmaktadır.
