Sürüngen-kuş evrimi konusundaki iddiaları destekleyebilecek bir fosil örneği sorulduğunda, evrimci kaynaklarda hemen her zaman tek bir canlıdan söz edilir. Bu, hala ısrarla savunulan az sayıdaki ara geçiş formu iddialarından en bilineni olan Archæopteryx isimli fosil kuştur.
"Günümüz kuşlarının atası" olduğu öne sürülen Archæopteryx, bundan yaklaşık 150 milyon yıl önce yaşamıştır. Teoriye göre, Velociraptor veya Dromeosaur ismi verilen küçük yapılı dinozorların bir kısmı, evrim geçirerek kanatlanmışlar ve uçmaya başlamışlardır. Archæopteryx, dinozor atalarından ayrılan ve yeni yeni uçmaya başlayan ilk türdür.
Oysa Archæopteryx'in fosilleri üzerinde yapılan son incelemeler bu anlatımın bilimsel bir temeli olmadığını göstermektedir. Bu kuş bir ara geçiş formu değil, sadece günümüz kuşlarından biraz daha farklı özelliklere sahip, soyu tükenmiş bir kuş türüdür.
Archæopteryx'in iyi uçamayan bir "yarı-kuş" olduğu tezi yakın zamana kadar evrimci kaynaklarda çok daha fazla sıklıkla dile getirilmekteydi. Bu canlının "sternum"unun, yani göğüs kemiğinin olmaması, canlının uçamayacağının en önemli kanıtı olarak gösterilmekteydi. (Göğüs kemiği, uçmak için gerekli olan kasların tutunduğu göğüs kafesinin altında bulunan bir kemiktir. Günümüzde uçabilen veya uçamayan tüm kuşlarda, hatta kuşlardan çok ayrı bir familyaya ait olan uçabilen memeli yarasalarda bile bu göğüs kemiği vardır.)
Ancak 1992 yılında bulunan yedinci Archæopteryx fosili bu argümanın yanlış olduğunu gösterdi. Zira bu son bulunan Archæopteryx fosilinde evrimcilerin çok uzun zamandır yok saydıkları göğüs kemiği vardı. Nature dergisinde bu yeni bulunan fosil şöyle anlatılıyordu:
Son bulunan yedinci Archæopteryx fosili, uzun zamandır varlığından şüphe edilen, ama hiçbir zaman ispatlanamayan dikdörtgensel bir göğüs kemiğinin varlığına işaret ediyor. Bu canlının uzun mesafelerde uçuş yeteneği hala şüpheli, ama göğüs kemiğinin varlığı güçlü uçuş kaslarının olduğunu gösteriyor. (Nature, cilt 382, 1 Ağustos 1996, s. 401.)
Bu bulgu, Archæopteryx'in tam uçamayan bir yarı-kuş olduğu yönündeki iddiaların en temel dayanağını geçersiz kıldı.
Öte yandan, Archæopteryx'in gerçek anlamda uçabilen bir kuş olduğunun en önemli kanıtlarından bir tanesi de hayvanın tüylerinin yapısı oldu. Archæopteryx'in günümüz kuşlarınınkinden farksız olan asimetrik tüy yapısı, canlının mükemmel olarak uçabildiğini gösteriyordu. Ünlü paleontolog Carl O. Dunbar'ın belirttiği gibi, "tüylerinden dolayı bu yaratık tam bir kuş özelliği gösteriyordu". (Carl O. Dunbar, Historical Geology, New York: John Wiley and Sons, 1961, s. 310.)
Paleontolog Robert Carroll ise konu hakkında şu açıklamayı yapar:
Archaepoteryx'in uçuş tüylerinin geometrisi günümüz uçucu kuşlarınınki ile tamamen aynıdır, uçucu olmayan kuşların ise tüyleri simetriktir. Tüylerin kanat üzerindeki düzeni de günümüz kuşlarınınkiyle benzerdir... Van Tyne ve Berger'e göre Archaeopteryx'in kanatlarının boyutu ve şekli, tavuk cinsinden kuşlar, kumrular, ağaçkakanlar, çulluklar ve tüneyen ötücü kuşların çoğu gibi bitki örtüsünün sınırlı açıklıkları boyunca hareket eden kuşlarınkine benzerdir... Uçuş tüyleri en az 150 milyon yıldan beri durağandır (değişmemiştir). (Robert L. Carroll, Patterns and Processes of Vertebrate Evolution, Cambridge University Press, 1997, s. 280-81.)
Archæopteryx'in tüylerinin ortaya çıkarmış olduğu bir başka gerçek, bu canlının sıcakkanlı oluşuydu. Bilindiği gibi sürüngenler ve dinozorlar soğukkanlı, yani vücut ısılarını kendileri üretmeyen, çevrenin vücut ısılarını etkilediği canlılardır. Kuşlarda bulunan tüylerin en önemli fonksiyonlarından bir tanesi ise, vücut ısısını korumalarıdır. Archæopteryx'in tüylü olması, bunun dinozorların aksine sıcakkanlı olduğunu, yani vücut ısısını korumaya ihtiyacı olan gerçek bir kuş olduğunu gösteriyordu.
Evrimci biyologların, Archæopteryx'i ara geçiş formu olarak gösterirken dayandıkları en önemli iki nokta ise, bu hayvanın kanatlarının üzerindeki pençeleri ve ağzındaki dişleridir.
Archæopteryx'in kanatlarında pençeleri ve ağzında dişleri olduğu doğrudur, ancak bu özellikleri canlının sürüngenlerle herhangi bir şekilde bir ilgisi olduğunu göstermez. Zira günümüzde yaşayan iki tür kuşta, Touraco corythaix ve Opisthocomus hoazin'de de dallara tutunmaya yarayan pençeler bulunmaktadır. Ve bu canlılar, hiçbir sürüngen özelliği taşımayan, tam birer kuştur. Dolayısıyla Archæopteryx'in kanatlarında pençeleri olduğu ve bu sebeple de bir ara form olduğu yolundaki iddia geçersizdir.
Archæopteryx'in ağzındaki dişleri de yine canlıyı bir ara form kılmaz. Evrimciler bu dişlerin bir sürüngen özelliği olduğunu öne sürerek yanılmaktadırlar. Çünkü dişler sürüngenlerin tipik bir özelliği değildir. Günümüzde bazı sürüngenlerin dişleri varken bazılarının yoktur. Daha da önemli olan nokta, dişli kuşların Archæopteryx'le sınırlı olmamasıdır. Günümüzde dişli kuşların artık yaşamadıkları bir gerçektir, ancak fosil kayıtlarına baktığımız zaman gerek Archæopteryx ile aynı dönemde gerekse daha sonra, hatta günümüze oldukça yakın tarihlere kadar "dişli kuşlar" olarak isimlendirilebilecek ayrı bir kuş grubunun yaşamını sürdürdüğünü görürüz.
İşin en önemli yanı ise, Archæopteryx'in ve diğer dişli kuşların diş yapılarının, bu kuşların sözde evrimsel ataları olan dinozorların diş yapılarından çok farklı olmasıdır. L. D. Martin, J. D. Stewart ve K. N. Whetstone gibi ünlü kuş bilimcilerin yaptıkları ölçümlere göre, Archæopteryx'in ve diğer dişli kuşların dişlerinin üstü düzdür ve geniş kökleri vardır. Oysa bu kuşların atası olduğu iddia edilen theropod dinozorlarının dişlerinin üstü testere gibi çıkıntılıdır ve kökleri de dardır. (L. D. Martin, J. D. Stewart, K. N. Whetstone, The Auk, cilt 98, 1980, s. 86.) Aynı araştırmacılar, aynı zamanda Archæopteryx ile onun sözde ataları olan theropod dinozorlarının bilek kemiklerini karşılaştırmışlar ve aralarında hiçbir benzerlik olmadığını ortaya koymuşlardır. (L. D. Martin, J. D. Stewart, K. N. Whetstone, The Auk, cilt 98, 1980, s. 86; L. D. Martin "Origins of Higher Groups of Tetrapods", Ithaca, New York: Comstock Publising Association, 1991, s. 485, 540.)
Archæopteryx'in dinozorlardan evrimleştiğini iddia eden en önde gelen otoritelerinden biri olan John Ostrom'un, bu canlı ile dinozorlar arasında öne sürdüğü bazı "benzerlik"lerin ise gerçekte birer yanlış yorum olduğu S. Tarsitano, M. K. Hecht ve A. D. Walker gibi anatomistlerin çalışmalarıyla ortaya çıkmıştır. (S. Tarsitano, M. K. Hecht, Zoological Journal of the Linnaean Society, cilt 69, 1985, s. 178; A. D. Walker, Geological Magazine, cilt 177, 1980, s. 595.)
A. D. Walker, Archaeopteryx'in kulak bölgesini de incelemiş ve kulak yapısının da günümüz kuşları ile aynı olduğunu belirtmiştir. (A. D. Walker, as described in Peter Dodson, "International Archaeopteryx Conference", Journal of Vertebrate Paleontology 5(2):177, Haziran 1985.)
Wales Üniversitesi, Biyoloji Bilimleri Enstitüsü'nden J. Richard Hinchliffe ise embriyolar üzerinde modern izotopik teknik kullanarak, kuşların ellerinin II, III ve IV. parmaklardan oluşurken, theropod dinozorlarının I, II ve III. parmaklardan oluştuğunu saptamıştır. Bu ise, Archaeopteryx-dinozor bağlantısını savunanlar için büyük bir problemdir. Hinchliffe'nin araştırma ve gözlemleri, ünlü bilim dergisi Science'ın 1997 yılındaki bir sayısında şöyle yayınlanmıştır:
Theropodlarla kuş kemikleri arasındaki homoloji, "dinozor-kökeni" hipotezi ile ilgili diğer bazı problemleri akla getirmektedir. Bunlardan bazıları şunlardır: (i) Archaeopteryx kanadı ile kıyaslandığında, (vücut büyüklüğüne göre) theropodun çok daha küçük olan ön kolu. Bu tip küçük kollar oldukça büyük bir dinozorun yerden yukarıya doğru havalanması için ikna edici bir ön kanat değildirler. (ii) Theropodlardaki bilek kemiği, sadece dört türde bulunmaktadır. Theropodların çoğu çok daha fazla sayıda bilek kemiğine ait parçalara sahiptir. Bunun Archaeopteryx ile benzerlik oluşturması çok zordur. (iii) Zamanlama ile ilgili bir paradoks ise, pek çok theropod dinozorun ve özellikle de kuşa benzeyen dromaesaur'ların fosil kayıtlarında Archaeopteryx'den daha sonra bulunmalarıdır. (Richard Hinchliffe, "The Forward March of the Bird-Dinosaurs Halted?", Science, Volume 278, no. 5338, Issue of 24 Oct 1997, s. 596-597)
Hinchliffe'nin belirttiği "zamanlama uyumsuzluğu", Archaeopteryx hakkındaki evrimci iddialara en öldürücü darbeyi indiren gerçeklerden biridir. Amerikalı biyolog Jonathan Wells de 2000 yılında yayınlanan Icons of Evolution (Evrimin İkonaları) adlı kitabında, Archaeopteryx'in evrim adına adeta bir "ikona" (kutsal sembol) haline getirildiğini, oysa delillerin bu canlının "kuşların ilkel atası" olmadığını açıkça gösterdiğini vurgular. Wells'e göre bunun göstergelerinden biri, Archaeopteryx'in atası olarak gösterilen theropod dinozorların, aslında Archaeopteryx'ten daha genç olmalarıdır: "Yerde koşan koşan iki ayaklı dinozorlar, Archaeopteryx'in teorik atalarından beklenebilecek bazı özelliklere sahiptirler, ama (fosil kayıtlarında) Archaeopteryx'ten daha sonra ortaya çıkarlar." (Jonathan Wells, Icons of Evolution, Regnery Publishing, 2000, s, 117.)
Tüm bunlar, Archæopteryx'in bir ara geçiş formu olmadığını; sadece "dişli kuşlar" olarak isimlendirilebilecek ayrı bir sınıflandırmaya ait olduğunu gösterir. Bu canlıyı theropod dinozorlarla ilişkilendirmek ise, son derece tutarsızdır. Amerikalı biyolog, Richard L. Deem de "Demise of the 'Birds are Dinosaurs' Theory" ("Kuşlar Dinozordur" Teorisinin Sonu) başlıklı makalesinde, kuş-dinozor evrimi iddiası ve Archæopteryx hakkında şunları yazmaktadır:
Son çalışmaların sonuçları göstermektedir ki, theropod dinozorların elleri (ön kol kemiklerindeki) birinci, ikinci ve üçüncü hanelerden türemiştir, ama kuşların kanatları, ikinci, üçüncü ve dördüncü hanelerden türerler... 'Kuşlar dinozordur' teorisiyle ilgili başka problemler de vardır. Theropodların ön ayakları Archæopteryx'le kıyasla, vücutlarına göre çok küçüktür. Bu canlıların ağır vücutları da düşünüldüğünde, bir tür "ön-kanat" (proto-wing) geliştirmeleri olası gözükmemektedir. Theropod dinozorların çok büyük bölümü (kuşlarda bulunan) semilunatik bilek kemiğinden yoksundur ve Archæopteryx'te hiçbir benzeri bulunmayan bazı bilek parçalarına sahiptir. Bütün theropodlarda V1 sinirleri diğer bazı sinirlerle birlikte kafatasını yandan terk eder, kuşlarda ise aynı sinirler kafatasını ön taraftan kendilerine ait bir delikten geçerek terk eder. Bir başka sorun ise, theropodların çok büyük kısmının Archæopteryx'ten daha sonra ortaya çıkmış olmalarıdır." (Richard L. Deem "Demise of the 'Birds are Dinosaurs' Theory", http://www.yfiles.com/dinobird2.html)
