Evrimcilerin sadece morfolojik düzeyde değil, moleküler düzeyde öne sürdükleri homoloji iddiası da geçersizdir. Evrimciler, farklı canlı türlerinin DNA şifrelerinin ya da protein yapılarının benzer olduğundan söz ederler ve bunu, bu canlı türlerinin birbirlerinden evrimleştiklerinin delili olarak yorumlarlar. Örneğin evrimci yayınlarda sık sık "insan DNA'sı ile maymun DNA'sı arasında büyük bir benzerlik" olduğu söylenir ve bu, insan ile maymun arasında evrimsel bir ilişki olduğu iddiasının kanıtı gibi sunulur.
Öncelikle belirtmek gerekir ki, yeryüzünde yaşayan canlıların birbirlerine yakın DNA yapısına sahip olmaları son derece doğaldır. Çünkü canlıların temel yaşamsal işlevleri birbiriyle aynıdır ve insan da canlı bir bedene sahip olduğuna göre, diğer canlılardan farklı bir DNA yapısına sahip olması beklenemez. İnsan da diğer canlılar gibi karbonhidratlar, yağlar ve proteinlerle beslenerek gelişir, onun da vücudunda kan dolaşır, hücrelerinde her saniye oksijen kullanılarak enerji üretilir.
Dolayısıyla canlıların genetik benzerliklere sahip olmaları, ortak bir atadan evrimleştikleri iddiasına delil olarak gösterilemez. Evrimciler, eğer ortak atadan evrimleşme teorisini delillendirmek istiyorlarsa, birbirinin atası olduğu iddia edilen canlıların moleküler yapılarında da bir ata-torun ilişkisi olduğunu göstermek zorundadırlar. Oysa, birazdan inceleyeceğimiz gibi, bu yönde hiçbir somut bulgu yoktur.
İlk olarak "insan DNA'sı ile maymun DNA'sı arasındaki benzerlik" konusunu ele alalım. Eğer bu konuda biraz daha geniş bir araştırma yapılırsa, çok daha ilginç başka canlıların DNA'sının da insanınkine benzerlik gösterdiği görülebilir. Bu benzerliklerden biri, insan ile nematod filumuna ait solucanlar arasındadır. New Scientist dergisinde aktarılan genetik analizler, nematod solucanları ve insan DNA'larında %75'lik bir benzerlik ortaya koymuştur. (Karen Hopkin, "The Greatest Apes", New Scientist, 15 Mayıs 1999, s. 27) Bu elbette insan ile nematodlar arasında sadece %25'lik bir farklılık bulunduğu anlamına gelmemektedir! Eğer evrimcilerin kurguladığı soy ağacına bakılırsa, insanın dahil edildiği Chordata filimu ile Nematoda filumlarının 530 milyon yıl önce bile birbirlerinden ayrı oldukları görülür. Bu durum açıkça göstermektedir ki, iki farklı canlı kategorisinin DNA zincirlerindeki benzerlik, bu canlıların ortak bir atadan evrimleştikleri iddiasına delil oluşturmamaktadır.
Evrimcilerin "insan ile maymun arasındaki genetik benzerlik" konusunda kullandıkları örneklerden bir diğeri, insanda 46, şempanze ve gorillerde ise 48 kromozom bulunmasıdır. Evrimciler, kromozom sayılarının yakınlığını evrimsel bir ilişkinin göstergesi sayarlar. Oysa eğer evrimcilerin kullandığı bu mantık doğru olsaydı, insanın maymun kadar ıbir akrabası daha olması gerekirdi: "Patates"! Çünkü patatesin kromozom sayısı maymunun kromozon sayısı ile eşittir: ıı48. ıııBu durum, DNA benzerliğinin evrime kanıt oluşturmayacağının çarpıcı bir göstergesidir.
Nitekim farklı türlere ve sınıflara ait canlıların DNA ve kromozom analizleri sonucunda elde edilen bulgular karşılaştırıldığında, canlıların DNA ve kromozomlarındaki benzerliklerin ya da farklılıkların, öne sürülen hiçbir evrimci mantık ya da bağlantıyla uyuşmadığı çok açık bir biçimde ortaya çıkmaktadır. Evrimci teze göre canlıların kompleksliklerinde kademeli bir artış yaşanmış olmalı, buna paralel olarak da genetik bilgilerini oluşturan kromozomlarının sayısının kademeli olarak artması beklenmelidir. Fakat elde edilen veriler bu tezin tamamen hayal ürünü olduğunu göstermektedir.
Evrimin ünlü teorisyenlerinden Rus bilim adamı Dobzhansky, canlılar ve DNA'ları arasındaki bu kuralsız ilişkinin evrimin açıklayamadığı büyük bir sorun olduğunu şöyle ifade etmektedir:
Daha kompleks organizmaların genelde basit olanlara göre hücrelerinde daha fazla DNA'ları vardır. Fakat bu kuralın dikkat çeken istisnaları vardır. Amphiuma (amfibiyen), Propterus (bir akciğerli balık) ve hatta sıradan kurbağalar ve kara kurbağaları tarafından geçilen insan ise, liste başı olmaktan çok uzaktır. Neden bu durum bu kadar uzun zamandır bir bilmece olarak kaldı? (Theodosius Dobzhansky, Genetics of the Evolutionary Process (1970), s. 17-18.)
Moleküler düzeydeki diğer karşılaştırmalar da, evrimci yorumları anlamsız kılan pek çok tutarsızlık örneği oluşturmaktadır. Çeşitli canlılardaki protein dizilimleri laboratuvarlarda analiz edildikçe, ortaya evrimciler açısından hiç beklenmedik, hatta kimi zaman hayret verici sonuçlar çıkmaktadır. Örneğin insandaki Sitokrom-C proteini bir atınkinden 14 amino asit farklıyken, bir kangurununkinden yalnızca 8 amino asit farklıdır. Yine Sitokrom-C dizilimi incelendiğinde, kaplumbağaların insanlara kendileri gibi bir sürüngen olan çıngıraklı yılanlardan daha yakın olduğu görülür. Bu durum evrimci bakış açısına göre yorumlandığında kaplumbağaların insanlarla yılanlardan daha yakın akraba oldukları gibi anlamsız bir sonuç çıkacaktır.
Örneğin, tavuk ve su yılanı arasındaki 100 kodondo 17, veya at ve köpek balığı arasındaki 16, hatta iki ayrı filuma ait köpek ve solucan sineği arasındaki 15 amino asitlik farktan bile daha büyüktür. Benzer gerçekler hemoglobin için de bulunmuştur. Bu proteinin insandaki dizilimi lemurunkinden 20 amino asit farklı iken, domuzdakinden yalnızca 14 amino asit farklıdır. Durum diğer proteinler için de yaklaşık olarak aynıdır.( Pierre Paul Grasse, Evolution of Living Organisms, New York: Academic Press, 1977, s. 194.)
Evrimcilerin bu durumda, insanın evrimsel olarak kanguruya, attan daha yakın olması ya da domuzla lemurdan daha yakın akraba olduğu gibi sonuçlara varmaları gerekir. Oysa bu sonuçlar, şimdiye kadar kabul edilmiş tüm "evrimsel soy ağacı" şemalarına aykırıdır. Protein benzerlikleri şaşırtıcı sürprizler doğurmaya devam etmektedir. Örneğin: Cambridge'ten Adrian Friday ve Martin Bishop ellerindeki "tetrapodların protein dizilimi" verilerini analiz etmişlerdir. Hayret verici bir şekilde, yaklaşık bütün örneklerde insan ve tavuk, birbirlerine en yakın akraba olarak eşleşmişlerdir. Bir sonraki en yakın akraba ise timsahtır. (Mike Benton, "Is a Dog More Like Lizard or a Chicken?" New Scientist, cilt 103, 16 Ağustos 1984, s. 19.)
Yine, bu benzerliklere evrimci bir mantıkla yaklaşıldığı takdirde, insanın en yakın evrimsel akrabasının tavuk olduğu gibi saçma bir sonuca varmamız gerekmektedir. Paul Erbrich, moleküler analizlerin çok farklı canlı sınıflarını birbirine yakın gibi gösteren sonuçlar verdiğini şöyle vurgular: Yaklaşık aynı yapı ve fonksiyonlara sahip proteinlere (homolog proteinler), filogenetik olarak değişik, hatta birbirinden çok farklı canlı sınıflarında gittikçe artan sayılarda rastlanmaktadır. (Örneğin omurgalılardaki, bazı omurgasızlardaki ve hatta bazı bitkilerdeki hemoglobin gibi.) (Paul Erbrich, "On the Probability of the Emergence of a Protein with a Particular Function", Acta Biotheoretica, vol. 34, 1985, s. 53.)
South Carolina Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden biyokimya araştırmacısı Dr. Christian Schwabe, moleküler alanda evrime delil bulabilmek için uzun yıllarını vermiş bir bilim adamıdır. Özellikle insülin ve relaxin türü proteinler üzerinde incelemeler yaparak canlılar arasında evrimsel akrabalıklar kurmaya çalışmıştır. Fakat çalışmalarının hiçbir noktasında evrime herhangi bir delil elde edemediğini pek çok kereler itiraf etmek zorunda kalmıştır. Science dergisindeki bir makalesinde şöyle demektedir: Moleküler evrim, evrimsel akrabalıkların ortaya çıkarılması için neredeyse paleontolojiden daha üstün bir metot olarak kabul edilmeye başlandı. Bir moleküler evrimci olarak bundan gurur duymam gerekirdi. Ama aksine, türlerin düzenli bir gelişme kaydettiğini göstermesi gereken moleküler benzerliklerin pek çok istisnası olması oldukça can sıkıcı görünüyor. Bu istisnalar o kadar çok ki, gerçekte, istisnaların ve tuhaflıkların daha önemli bir mesaj taşıdıklarını düşünüyorum. (Christian Schwabe, "On the Validity of Molecular Evolution", Trends in Biochemical Sciences, cilt 11, Temmuz 1986)
Schwabe'nin relaxinler üzerinde yaptığı çalışmalar oldukça ilginç sonuçlar ortaya koymuştur: Yakın akraba olduğu bildirilen türlerin relaxinleri arasındaki yüksek değişkenliğin yanı sıra, domuzun ve balinanın relaxinleri bütünüyle aynıdır. Farelerden, Yeni Gine domuzundan, insandan ve domuzdan alınan moleküller, birbirlerinden yaklaşık %55 uzaktır. Buna rağmen insülin, insanı şempanzeden daha çok domuza yakın kılmaktadır. (Christian Schwabe, "Theoretical Limitations of Molecular Phylogenetics and the Evolution of Relaxins", Comparative Biochemical Physiology, cilt 107 B, 1974, s. 171-172)
Schwabe, insülin ve relaxin dışında diğer pek çok protein dizilimlerini karşılaştırdığında da aynı gerçekle yüz yüze gelmiştir. Relaxin ve insülin türlerinin ortaya koyduğu istisnalar dışında, evrimin öne sürdüğü türden düzenli bir moleküler gelişmeyi yalanlayan pek çok protein türü olduğunu belirten Schwabe şunları söylemektedir:
Relaxin ve insülin aileleri, moleküler evrimin klasik "tek ağaçtan evrimleşme" yorumu karşısındaki yegane istisnalar değildir. Anormal protein benzerliği örneklerindeki anormallikler, görünürde açıklaması ancak hayal gücüyle sınırlandırılabilecek bir sayıyı kaplamaktadır. (Christian Schwabe ve Gregory W. Warr, "A Polyphyletic View of Evolution", Perspectives in Biology and Medicine, cilt 27, İlkbahar 1984, s. 473)
Schwabe, canlılardaki lizozimlerin, sitokromların ve pek çok hormonun da amino asit dizilimlerinin karşılaştırılmasının evrimciler açısından "beklenmedik sonuçlar ve anormallikler" ortaya koyduğunu belirtmektedir. Schwabe, tüm bu kanıtlara dayanarak, proteinlerin hepsinin hiçbir evrim geçirmeden başlangıçtaki yapılarına sahip olduklarını ve moleküller arasında, aynı fosiller arasında olduğu gibi, hiçbir ara geçiş formu bulunmadığını savunmaktadır.
Michael Denton da moleküler biyoloji alanında elde edilen bulgulara dayanarak şu yorumu yapar:
Moleküler düzeyde, her canlı sınıfı, özgün, farklı ve diğerleriyle bağlantısızdır. Dolayısıyla moleküller, aynı fosiller gibi, evrimci biyoloji tarafından uzun zamandır aranan teorik ara geçişlerin olmadığını göstermiştir... Moleküler düzeyde hiçbir organizma bir diğerinin "atası" değildir, diğerinden daha "ilkel" ya da "gelişmiş" de değildir... Eğer bu moleküler kanıtlar bundan bir asır önce var olsaydı... organik evrim düşüncesi hiçbir zaman kabul görmeyebilirdi. (Michael Denton, Evolution: A Theory in Crisis, London: Burnett Books, 1985, s. 290-291.)
