Evrimcilerin homoloji tezi, benzer morfolojilere (yapılara) sahip tüm canlılar arasında evrimsel bir ilişki kurma mantığına dayanır. Oysa, aralarında hiçbir evrimsel bağlantı kuramadıkları türlerin de, birbirlerine çok benzeyen (homolog) organları vardır. Kanat, bunun bir örneğidir. Bir memeli olan yarasada kanat vardır, kuşlarda kanat vardır, sineklerde de kanat vardır, ayrıca geçmişte yaşamış uçan sürüngenler de vardır. Fakat, bu dört farklı sınıf arasında evrimciler bile herhangi bir evrimsel bağ, bir akrabalık kuramamaktadırlar.
Bu konudaki bir diğer çarpıcı örnek de, farklı canlıların gözlerindeki şaşırtıcı benzerlik ve yapısal yakınlıktır. Örneğin ahtapot ve insan, aralarında hiçbir evrimsel bağlantı kurulamayan, son derece farklı canlılardır. Fakat her ikisinin de gözleri, yapı ve fonksiyon bakımından birbirine çok yakındır. İnsanla ahtapotun benzer gözlere sahip ortak bir ataları olduğunu ise, evrimciler bile iddia edememektedirler.
Bu durum karşısında, evrimciler bu organların "homolog" (yani ortak bir atadan gelen) organlar değil, "analog" (aralarında evrimsel ilişki olmadığı halde birbirine çok benzeyen) organlar olduğunu söylerler. Örneğin insan gözü ile ahtapot gözü onlara göre analog bir organdır. Ancak bir organı homolog kategorisine mi, yoksa analog kategorisine mi dahil edecekleri sorusu, tamamen evrim teorisinin ön kabullerine göre cevaplanır. Bu ise, benzerliklere dayalı evrimci iddianın bilimsel bir yönü olmadığını göstermektedir. Evrimcilerin tek yaptığı, önceden doğru saydıkları evrim dogmasına göre, karşılarına çıkan bulguları yorumlamaya çalışmaktan ibarettir.
Oysa ortaya koydukları yorum da son derece tutarsızdır. Çünkü "analog" saymak zorunda kaldıkları organlar kimi zaman, olağanüstü derecede kompleks yapılarına rağmen birbirlerine o denli benzerdir ki, bu benzerliğin rastlantısal mutasyonlar sayesinde sağlandığını öne sürmek büyük bir mantıksızlıktır. Eğer ahtapotun gözü, evrimcilerin iddia ettikleri gibi tamamen tesadüfen ortaya çıkmışsa, nasıl olur da omurgalı gözü de tıpatıp aynı tesadüfleri tekrarlayarak ortaya çıkabilir? Bu soruyu düşünmekten "başı ağrıyan" ünlü evrimci Frank Salisbury şöyle yazmaktadır:
Göz kadar kompleks bir organ bile farklı gruplarda ayrı ayrı ortaya çıkmıştır. Örneğin ahtapotta, omurgalılarda ve artropodlarda. Bunların bir defa ortaya çıkışlarını açıklamak yeteri kadar problem oluştururken, modern sentetik (neo-Darwinist) teoriye göre, farklı defalar ayrı ayrı meydana geldikleri düşüncesi başımı ağrıtmaktadır. (Frank Salisbury, "Doubts About the Modern Synthetic Theory of Evolution", American Biology Teacher, Eylül 1971, s. 338.)
Evrimci teoriye göre, kanatlar da birbirinden bağımsız olarak dört kez "tesadüfen" ortaya çıkmıştır: Böceklerde, uçan sürüngenlerde, kuşlarda ve uçan memelilerde (yarasada). Doğal seleksiyon-mutasyon mekanizmalarıyla açıklanamayan kanatların dört kez ayrı ayrı oluşmaları, hem de bu oluşan kanatların birbirine benzer yapılar sergilemeleri, evrimci biyologlar için bir başka baş ağrısı nedeni oluşturur.
Bu konuda evrimci tezi çıkmaza sürükleyen en somut örneklerden biri de, memeli canlılarda ortaya çıkar. Çağdaş biyolojinin ortak kabulüne göre, tüm memeliler üç temel kategoriye ayrılır; plasentalılar, keseliler (marsupials) ve monotreme'ler (yumurta ile üreyen memeliler). Evrimciler, bu ayrımın memelilerin henüz ilk başlangıcında doğduğunu ve her üç kategorinin birbirlerinden tamamen bağımsız olarak ayrı birer evrim tarihi yaşadığını varsayarlar. Ancak ne ilginçtir ki, plasentalılar ve keseliler arasında birbirlerinin neredeyse aynı olan "çiftler" vardır. Keseli kurtlar, kediler, sincaplar, karınca yiyenler, köstebekler ve fareler, hem plasentalılar kategorisinde hem de keseliler kategorisinde birbirlerine çok benzer yapılarıyla bulunmaktadır. (Dean Kenyon, Davis Percical, Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins (Dallas: Haughton Publishing, 1993), s. 33) Yani evrim teorisine göre, birbirlerinden tamamen bağımsız mutasyonların, bu canlıları ikişer kez "tesadüfen" üretmiş olmaları gerekmektedir! Bu gerçek, evrimciler açısından baş ağrısının çok ötesinde sıkıntılara neden olacak bir sorundur.
Plasentalı ve keseli memeliler arasındaki ilginç benzerliklerden biri, Kuzey Amerika kurdu ile Tazmanya kurdu arasındadır. Bu canlılardan ilki plasentalılar, ikincisi ise keseliler sınıflamasına dahildir. Evrimci biyologlar, bu iki farklı canlı türünün tamamen ayrı birer evrim tarihine sahip olduklarına inanırlar. (Dean Kenyon, Percival Davis, Of Pandas and People, s. 117.) (Avustralya kıtasının ve çevresindeki adaların Antartika'dan ayrılmasından itibaren, keseli ve plasentalı memelilerin ilişkilerinin kesildiği varsayılır ve bu dönemde hiçbir kurt türü yoktur.) Ancak ilginç olan, Tazmanya kurdu ile Kuzey Amerika kurdunun iskelet yapılarının neredeyse tamamen aynı olmasıdır. Özellikle kafatasları, arka sayfadaki şekilde görüldüğü gibi, birbirlerine olağanüstü derecede benzerdir.
Evrimci biyologların "homoloji" örneği olarak kabul edemedikleri bu gibi olağanüstü benzerlikler, benzer organların, ortak atadan evrimleşme tezine delil oluşturmadığını göstermektedir. Daha da ilginç olan, bazı canlılarda da bunun tam tersi bir durumun gözlemlenmesidir. Yani evrimciler tarafından çok yakın akraba sayıldıkları halde, bazı organları tamamen farklı yapılara sahip canlılar vardır. Örneğin kabuklular sınıfındaki türlerin çok büyük bölümünde, "kırılma tipi" mercekli göz yapısı vardır. Kabukluların sadece iki türü, ıstakoz ve karideste ise, bu göz yapısından tamamen farklı olan "yansıtma tipi" aynalı göz bulunur.
